何明華會督銀禧中學在1961年創立,以紀念何明華會督受封為聖公會港澳及華南教區(現改組為香港聖公會教省)會督二十五周年。本校在1961年12月10日奠基,以見證上帝的恩典。
創校初期,本校分為英文部和中文部,共有十班,學生總人數為396人。由於校舍興建工程仍未竣工,本校師生需暫借協恩小學校舍上課,直至1962年校舍工程竣工,本校始遷至九龍塘牛津道現址。
本校在2005年推行「學校改進計劃」,以滿足21世紀課程發展及學習需求。通過優化校舍硬件,本校學生得以在一個更符合新時代學習要求的環境下學習。過去數十載,本校培養了不少出類拔萃的校友,他們在本地及海外,成了不同專業領域裏的領袖,當中有大學學者和聲名顯赫的專業人士。